Не, это-то как раз не так страшно, многие так делают по забывчивости или если тросик ручника вытянут. Я как-то забыв сняться с ручника на "оке" по проселкам ползал.

С автозапуском на большинстве сигнализаций сейчас логика такая:
1. Исходная: Машина стоит, двери закрыты, двигатель запущен.
2. Поставить на ручник.
3. Вынуть ключ из замка (двигатель продолжает работать)
4. В течение 30 секунд выйти из машины, закрыть двери и поставить на сигнализацию. Двигатель после этого глохнет и включается автозапуск.
Если хотя бы один пункт не выполняется - автозапуск не включается.

У ВАЗов 10го семейства раннего выпуска штатная сигнализация-иммобилайзер проверки на ручник и такого алгоритма не имела - потому она вполне могла уехать.